تضم مديرية المخابر في الشركة العامة لمرفأ طرطوس /8/ مخابر وهي(مخبر لتحليل المواد الغذائية، مخبر السموم، مخبر تحليل المواد الأساسية، مخبر الإضافات- المخبر الجرثومي، مخبر تحليل المواد الكيميائية والبترولية، مخبر تحليل مواد التشييد والبناء، مخبر تحليل المعادن، مخبر تحليل النسيج والورق)، إضافةً إلى دائرة الصيانة ومكتب الجودة ودائرة العينات ومحطة معالجة المياه الخاصة بمديرية المخابر وفق الهيكلية المطلوبة لمتطلبات الجودة.

تدعو المديرية التّجار والصناعيين والمستثمرين لتحليل عينات المواد المنتجة أو المصنّعة أو المستوردة لدى مخابرها، حيث يتمّ منحهم شهادات الاعتمادية المطلوبة ومتابعة التحاليل تتم بإشراف المكتب الناظم للجودة في المديرية.