تتابع المؤسسة العامة للخطوط الحديدية إعادة تأهيل الخطوط ومرافقها وأدواتها المحركة والمتحركة بالإمكانيات المتاحة، وبخبرات وأيادي وطنية لتتمكن من تسيير القطارات بشكل آمن ومستقر، ومنها خط حلب-دمشق الذي يستثمر حالياً لنقل البضائع وخط طرطوس-اللاذقية لنقل البضائع والركاب، وخط طرطوس-حمص-مناجم الفوسفات لنقل البضائع، إضافةً إلى إعادة تأهيل معظم التفريعات السككية المتفرعة عن هذه المحاور لتخديم عملية النقل إلى محطات التوليد الكهربائية والصوامع والمطاحن.