تقسم الجهات التي ترتبط أو تشرف عليها الوزارة الى ثلاث مجموعات :
أولاً – المؤسسات و الشركات العامة التي ترتبط بالوزير مباشرة
تتمتع بالصلاحيات المخولة لها في صكوك إحداثها وبما يتوافق مع أحكام القانون رقم /2/ لعام 2005 وهي :
1- المؤسسة العامة للطيران المدني
2- مؤسسة الطيران العربية السورية
3- المؤسسة العامة للخطوط الحديدية السورية
4- الشركة العامة لإنشاء الخطوط الحديدية
5- المؤسسة العامة للخط الحديدي الحجازي
6- المؤسسة العامة للمواصلات الطرقية
7- المؤسسة العامة السورية للنقل البحري
8- المؤسسة العامة التدريب والتأهيل البحري
9- الشركة العامة لمرفأ اللاذقية
10- الشركة العامة لمرفأ طرطوس
11- شركة التوكيلات الملاحية
ثانياً – المديريات العامة :
1- المديرية العامة للموانيء
ثالثاً - الشركات المشتركة :
1- الشركة الأردنية السورية للنقل البري
2- شركة الاتحاد العربي للنقل البري
3- الشركة السورية العراقية للنقل البري