يتولى قيادة وإدارة الوزارة بموجب القوانين والأنظمة النافذة كل في اختصاصه:
1. الوزير.
2. معاونو الوزير.
3. المجلس الاستشاري.
4. مديرو المديريات المركزية.
5. مديرو مديريات النقل، ومكاتب تنظيم نقل البضائع في المحافظات (وتتبع هذه المديريات الإدارة المركزية في النواحي الفنية، والتخطيط، والأنظمة، واســتخدام أساليب التقنية الحديثة، والرقابة، والتدريب، والتأهيل، والتنسيق، وتتبع التنفيذ).
الوزير:
يوجه الوزير الوزارة والجهات المرتبطة به، ويكون معاونو الوزير، والمدراء العامون، والمديرون في الادارة المركزية والمحافظات، مسؤولين أمامه عن ممارسة المهام، والصلاحيات، والمسؤوليات، والادارة، والاشراف على سائر العاملين في إداراتهم، ومراقبة، ومتابعة تنفيذ التوجيهات، والمهام، وتنفيذ الأعمال وفق أحكام القوانين والأنظمة النافذة.
للوزير أن يعهد ببعض مهامه وصلاحياته إلى معاونيه، أو إلى المديرين العامين، أو إلى المديرين في الإدارة المركزية والمحافظات، بما لايتعارض والأحكام الواردة في القوانين والأنظمة النافذة.
معاونو الوزير:
يسمى معاونو الوزير بمرسوم، ويمارسون الاختصاصات والمهام المسندة إليهم بموجب القوانين والأنظمة النافذة، وبما يكلفهم به الوزير من مهام واختصاصات أو أعمال، وهم مسؤولون أمامه، ويتم تحديد مهامهم وتوزيع هذه المهام فيما بينهم بقرار يصدر عن السيد رئيس مجلس الوزراء.
ويكون لدى كل من معاوني الوزير دائرة لأمانة السر والأرشفة لممارسة الأعمال التالية:
1. تنظيم مواعيد مراجعات ومقابلات معاون الوزير.
2. تهيئة الملفات اللازمة للاجتماعات التي يحضرها معاون الوزير.
3. تهيئة البريد الوارد ضمن اختصاص معاون الوزير وعرضه عليه ومتابعة توزيعه الى مقاصده.
4. تسجيل البريد الوارد في سجل خاص قبل عرضه على معاون الوزير.
5. استقبال المراجعين وتقديم الارشادات اللازمة لهم والمساعدات الممكنة لمعالجة قضايهم وانجاز معاملاتهم.
6. متابعة البريد بعد صدوره ومتابعة المراسلات والقرارات وغيرها.
7. القيام باعمال الأرشفة والتوثيق.
8. القيام باستلام المراسلات الواردة بكافة انواعها.
9. متابعة الاتفاقيات العربية والدولية التي تقع ضمن الاختصاص، والاحتفاظ بنسخة منها وأرشفتها.
10. متابعة محاضر الاجتماعات مع السيد الوزير والجهات الاخرى، ومتابعة الإجراءات المتخذة لتنفيذ مضامينها، والاحتفاظ بنسخ منها وأرشفتها.
11. الأعمال الأخرى التي يتم تكليفها بها وفقاً للقوانين والأنظمة النافذة.
المجلس الاستشاري:
يُشَكل بقرار من الوزير، ويضم عناصر خبيرة من الوزارة ومن خارجها، ويعقد جلساته بدعوة من الوزير بشكل دوري وعندما تدعو الحاجة إلى ذلك تبعاً لتقدير الوزير، وتكون مقرراته استشارية وغير ملزمة إلا إذا اقترنت بموافقة الوزير ومصادقته عليها وتوجيهه بتنفيذها.