ويرأسها محاسب الإدارة الذي يسمى من قبل السيد وزير المالية ويرتبط بآمر الصرف مباشرة، ويقوم بالمهام المحددة لمحاسب الإدارة بموجب القوانين والأنظمة النافذة، وتعليمات وزارة المالية، وكل ما يتعلق بالرواتب، والأجور، والتعويضات، والنفقات، والمشتريات، والتدقيق اللازم من خلال السجلات الورقية، والحاسوبية، التي تسهل هذه الأعمال، وتتيح توفر الإحصائيات، والأرشيف الإلكتروني.
وتضم محاسبة الإدارة الشعب التالية:

1- شعبة الرواتب والأجور والتعويضات والسُلف: ومهمتها:

1. اعداد جداول الرواتب، ومسك دفاتر الشطب، وإعداد اضبارة مالية لكل عامل في الوزارة.
2. حساب كافة التعويضات للعاملين في الإدارة المركزية.
3. تسليم الرواتب لأصحاب الاستحقاق من قبل معتمد الرواتب مع مسك سجلات أصولية لذلك.
4. مسك سجلات طبابة العاملين.
5. مسك سجلات خاصة بالسلف مع ملاحقة تسديدها أصولاً.
6. إبراء ذمة العاملين من شعبة الرواتب والأجور بعد التأكد من عدم التزامهم تجاه أي جهة.

2- شعبة الموازنة: ومهمتها:

1. اعداد مشروع الموازنة للوزارة، والمدارس، والمعاهد المهنية، والتقانية التابعة لها بعد أخذ رأي واقتراحات المديريات الأخرى بشأن تحديد احتياجاتها من التجهيزات، واللوازم، والصيانة، والقرطاسية، وغيرها من النفقات.
2. تصفية النفقات وإعداد أوامر الصرف، ومسك حسابات اعتمادات الموازنة، والنفقات المعقودة، وأوامر الصرف الصادرة والمصروفة وفق الأنظمة النافذة.

3- شعبة التدقيق: ومهمتها:

1. تدقيق كافة أوامر الصرف للموازنة الاستثمارية والجارية.
2. تدقيق محاسبة المحروقات محاسبياً بشكل دوري.
3. تدقيق قيود المستودع ومطابقتها مع محاسبة المواد.

4- شعبة المشتريات: ومهمتها:

1. الإشراف على لجان الشراء المباشر للإدارة المركزية، والمدارس، والمعاهد المهنية والتقانية التابعة للوزارة.
2. تأمين المشتريات المتعلقة بصيانة وإصلاح السيارات مع أجورها.
3. تأمين المشتريات من القرطاسية وكافة المواد الأخرى للإدارة المركزية والمدارس والمعاهد المهنية والتقانية التابعة للوزارة.

5- أمانة المستودع:
يقوم أمين المستودع بالإشراف على المستودع، وتطبيق الأنظمة والتعليمات النافذة والمتعلقة بالمستودعات، واعداد مشروع البرنامج التمويني، وإدخال وإخراج المواد أصولاً، واتخاذ التدابير لصيانة موجودات المستودع وحفظها بشكل يضمن عدم تعرضها للتلف، والعمل على تنظيم قاعدة معلومات بكل المدخلات والمخرجات والمواد والأجهزة التي يتعامل معها المستودع، ويمارس المهام التالية:

1. القيام بالمهام والأعمال المنصوص عليها في نظام المستودعات للهيئات ذات الطابع الإداري.
2. اعـداد مشروع البرنامج التمويني في ضوء المعلومات والطلبات والاقتراحات التي تقدم من المديرية المعنية.
3. تنظيم عمليات استلام وإدخال المواد وإخراجها من المستودع ونقلها وتسليمها بموجب بطاقات المواد وقيودها، وتقديم كافة السجلات، والوثائق، والمستندات المتعلقة بعمليات الجرد، وتقديم كافة السجلات، والوثائق، والمستندات المتعلقة بها، والسهر على تطبيق نظام المستودعات، وملاحقـة سائر القضايا المتعلقة بالمستودع أصولاً.
4. اتخاذ جميع التدابير اللازمة لصيانة موجودات المستودع وحفظ المواد فيه بصورة فنية تتضمن عدم تعرضها للتلف.
5. ملاحظة الحد الأدنى لمخزون المواد والإبلاغ عنه في الوقت المناسب لاتخاذ الإجراءات اللازمة لتنظيم طلبات الشراء وتموين المستودع بالمواد اللازمة.
6. تنظيم جدول شهري بالمواد التي جرت عليها الحركة خلال الشهر.
7. الإعلام عن المواد الزائدة عن الحد الأقصى، أو المواد التي لم يجرِ عليها أية حركة خلال مدة تزيد عن ستة أشهر.
8. مسك دفاتر وقيود محاسبة، وبطاقات محاسبة الإدخال والإخراج، وإجراء المطابقة مع بطاقات محاسبة المواد الممسوكة في شعبة المحاسبة.
9. تأمين وسائل الوقاية اللازمة من الحريق والأخطار وفق التعليمات النافذة.
10. تنظيم طلبات شراء.
11. إبراء ذمة العاملين عند التقاعد، أو الاستقالة، أو الندب، أو النقل من العهدة الشخصية.
12. أتمتة أعمال المستودعات بكاملها بما فيها الإجراءات المذكورة أعلاه.