تقوم هذه المديرية بمتابعة شؤون المؤسسات، والإدارات، والشركات العامة المرتبطة بالوزارة والعاملة في مجال النقل البحري. كما تقوم بإعداد المذكرات والمقترحات اللازمة حول المواضيع التي ترفعها تلك الجهات وكذلك كل ما يتعلق بتطوير قطاع النقل البحري واستثماره بالطريقة المثلى وتقديم أفضل الخدمات وتحسين سبل وكيفية أداء هذه الخدمات باستمرار. كما تعمل على تحقيق التنسيق اللازم مع الجهات العامة العاملة في مجال النقل البحري وعلى متابعة كافة التقنيات والتطورات الحاصلة في مجال عمل هذا القطاع وتقترح الاستفادة منها، وتقوم بالإطلاع ميدانياً على أساليب تقديم الخدمات للمواطنين والمتعاملين بما يحقق تبسيط الإجراءات، وسرعة الأداء، وتذليل كافة العقبات التي تصادفهم، والعمل على تكامل أنماط النقل المختلفة. وتقوم بتنفيذ المهام الموكلة إليها من خلال: 

دائرة المتابعة
تقوم هذه الدائرة بمتابعة شؤون المؤسسات، والشركات، والمديريات العامة المرتبطة بالوزارة والعاملة في مجال النقل البحري. وتمارس المهام التالية:

1. إعداد المذكرات والمقترحات اللازمة حول المواضيع التي ترفعها تلك الجهات، وكذلك كل ما يتعلق بتطوير قطاع النقل البحري واستثماره بالطريقة المثلى، وتقديم أفضل الخدمات، وتحسين سبل وكيفية أداء هذه الخدمات باستمرار.
2. العمل على تحقيق التنسيق اللازم مع الجهات العامة العاملة في مجال النقل البحري، وعلى متابعة كافة التقنيات والتطورات الحاصلة في مجال عمل هذا القطاع، واقترح الاستفادة منها.
3. الإطلاع ميدانياً على أساليب تقديم الخدمات للمواطنين والمتعاملين بما يحقق تبسيط الإجراءات، وسرعة الأداء، وتذليل كافة العقبات التي تصادفهم، والعمل على تكامل أنماط النقل المختلفة.
4. متابعة الأمور الاقتصادية والفنية العائدة لجهات قطاع النقل البحري، وإعداد المذكرات المتعلقة بها ورفعها أصولاً.
5. اقتراح كل ما يفيد في عملية التطوير والتحديث المستمرة، ومتابعة تنفيذ اتفاقيات النقل البحري.

وتقوم هذه الدائرة بمهامها من خلال الشعب التالية:

1 ـ شعبة متابعة شؤون المرافئ:

1. متابعة شؤون شركات المرافئ في القطر.
2. إعداد المذكرات والمقترحات بخصوص المواضيع التي ترفعها هذه الشركات.
3. تقديم المقترحات اللازمة لتطوير عمل هذه الشركات واستثماره بالطريقة المثلى.
4. متابعة العقود التي تبرمها هذه الشركات، واستكمال إجراءات التصديق عليها.

2 ـ شعبة متابعة شؤون النقل البحري والموانئ والتوكيلات الملاحية:

1. متابعة شؤون المؤسسة العامة السورية للنقل البحري، وشركة التوكيلات الملاحية، والمديرية العامة للموانئ.
2. إعداد المذكرات والمقترحات بخصوص المواضيع التي ترفعها هذه الجهات.
3. تقديم المقترحات اللازمة لتطوير عمل هذه الجهات واستثماره بالطريقة المثلى.
4. متابعة العقود التي تبرمها هذه الجهات، واستكمال إجراءات التصديق عليها.
5. القيام بالأعمال الأخرى التي يعهد بها إليه ضمن اختصاصه.