تقوم هذه المديرية بمتابعة شؤون المؤسسات، والإدارات، والشركات العامة المرتبطة بالوزارة، والعاملة في مجال النقل بالخطوط الحديدية.
كما تقوم بإعداد المذكرات والمقترحات اللازمة حول المواضيع التي ترفعها تلك الجهات، وكذلك كل ما يتعلق بتطوير قطاع النقل بالخطوط الحديدية، واستثماره بالطريقة المثلى، وتقديم أفضل الخدمات، وتحسين سبل وكيفية أداء هذه الخدمات باستمرار.
كما تعمل على تحقيق التنسيق اللازم مع الجهات العامة العاملة في مجال النقل بالخطوط الحديدية، وعلى متابعة كافة التقنيات والتطورات الحاصلة في مجال عمل هذا القطاع وتقترح الاستفادة منها، وتقوم بالإطلاع ميدانياً على أساليب تقديم الخدمات للمواطنين والمتعاملين بما يحقق تبسيط الإجراءات، وسرعة الأداء، وتذليل كافة العقبات التي تصادفهم، والعمل على تكامل أنماط النقل المختلفة.
وتقوم بتنفيذ المهام الموكلة إليها من خلال  :

دائرة المتابعة:
تقوم هذه الدائرة بمتابعة شؤون المؤسسات والشركات المرتبطة بالوزارة والعاملة في مجال النقل بالخطوط الحديدية. وتمارس المهام التالية:

  1. إعداد المذكرات والمقترحات اللازمة حول المواضيع التي ترفعها تلك الجهات وكذلك كل ما يتعلق بتطوير قطاع النقل بالخطوط الحديدية، واستثماره بالطريقة المثلى، وتقديم أفضل الخدمات، وتحسين سبل وكيفية أداء هذه الخدمات باستمرار.
  2. العمل على تحقيق التنسيق اللازم مع الجهات العامة العاملة في مجال النقل بالنقل الخطوط الحديدية، وعلى متابعة كافة التقنيات والتطورات الحاصلة في مجال عمل هذا القطاع، واقترح الاستفادة منها.
  3. القيام بالإطلاع ميدانياً على أساليب تقديم الخدمات للمواطنين والمتعاملين بما يحقق تبسيط الإجراءات وسرعة الأداء، وتذليل كافة العقبات التي تصادفهم والعمل على تكامل أنماط النقل المختلفة.
  4. متابعة الأمور الاقتصادية والفنية العائدة لجهات قطاع النقل بالخطوط الحديدية، وإعداد المذكرات المتعلقة بها ورفعها أصولاً.
  5. اقتراح كل ما يفيد في عملية التطوير والتحديث المستمرة ومتابعة تنفيذ اتفاقيات النقل بالخطوط الحديدية.

وتقوم هذه الدائرة بمهامها من خلال الشعب التالية:

1 ـ شعبة متابعة شؤون السكك الحديدية:

1. متابعة شؤون المؤسسة العامة للخطوط الحديدية السورية، والشركة العامة لإنشاء الخطوط الحديدية.
2. إعداد المذكرات والمقترحات بخصوص المواضيع التي ترفعها هذه الجهات.
3. تقديم المقترحات اللازمة لتطوير عمل هذه الجهات واستثماره بالطريقة المثلى.
4. متابعة العقود التي تبرمها هذه الجهات، واستكمال إجراءات التصديق عليها.

2 ـ شعبة متابعة شؤون المؤسسة العامة للخط الحديدي الحجازي:

1. متابعة شؤون المؤسسة العامة للخط الحديدي الحجازي.
2. إعداد المذكرات والمقترحات بخصوص المواضيع التي ترفعها هذه المؤسسة.
3. تقديم المقترحات اللازمة لتطوير عمل هذه المؤسسة واستثماره بالطريقة المثلى.
4. متابعة العقود التي تبرمها هذه المؤسسة واستكمال إجراءات التصديق عليها.
5. القيام بالأعمال الأخرى التي يعهد بها إليه ضمن اختصاصه.