هي مديرية مركزية تضم عدداً من المراقبين الداخليين وتمارس المهام التالية:
1- تحقيق الرقابتين الآنية واللاحقة، والقيام بأعمال التفتيش المتعلقة بالأداء الإداري (من خلال خطط سـنوية تقترحها وتحدد مراحل تنفيذها)، والموضوعات التي تتناولها، ونسبة المراجعة، والتدقيق، والأهداف المتوخاة. (تصدق هذه الخطط من الوزير وتبلغ نسخ عنها للهيئة المركزية للرقابة والتفتيش).
2- الكشف عن مواطن الخلل والهدر، وضعف الأداء، والقصور، والأخطاء، واقتراح ما يلزم بشأن معالجتها.
3- مساعدة الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش في أداء مهماتها وفق قانون الهيئة ونظامها الداخلي.
4- دراسة تقارير الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش، وتقارير الجهاز المركزي للرقابة المالية، واتخاذ ما يلزم لمتابعة تنفيذها.
5- التدقيق في الشكاوى، والتحقيق في المواضيع التي تحال إليها أصولا من الوزير والتي تفوضها بها الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش، وتلك التي تقف عليها بعد عرضها على الوزير، وأخذ التكليف بتحقيقها.

وتمارس مهامها هذه من خلال المراقبين والدائرة التابعين لها:

أولاً ـ المراقبون الداخليون:
يقومون بالمشاركة في أعمال الرقابتين اللاحقة والآنية، والتفتيش في الإدارة المركزيـة بوزارة النقل، والجهات المرتبطة بها، والتي يكلفون بها للكشف عن مواطن الخلل، ومساعدة الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش، والجهاز المركزي للرقابة المالية في أداء عملهما، ويقومون بالمهام التالية:
1- التدقيق في الشكاوى والتحقيق في المواضيع التي تحال إليهم أصولا من الوزير، أو التي يتم التفويض بها من قبل الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش، وتلك التي تقف عليها بعد عرضها على الوزير، وأخذ التكليف بتحقيقها.
2- وضع اليد على المخالفات والجرائم الواقعة على المال العام، وعلى الجرائم الاقتصادية المرتكبة، والتحقيق في بعضها بتفويض من الهيئة المركزية للرقابـة والتفتيش أو المشاركة بالتحقيق.
3- تنفيذ أعمال رقابية وتفتيشية محددة أو طارئة من خلال الخطط السنوية التي تضعها المديرية لتلافي الخطأ قبل وقوعه.
4- تقديم التقارير اللازمة بنتائج أعمالهم وفق الأصول المحددة في قانون الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش ونظامها الداخلي.
5- القيام بالأعمال الأخرى التي يكلفون بها ضمن اختصاصهم.

ثانياً ـ دائرة المتابعة:
وتقوم بالأعمال التالية:
1- متابعة تنفيذ تقارير الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش والجهاز المركزي للرقابة المالية خاصة فيما يتعلق بالمقترحات الواردة فيها والإجابة عليها.
2- متابعة المراسلات الصادرة التي تعدها المديرية والإجابة عليها، ومتابعة التأخر في الإجابات، والتأكيد عليها، وعرضها.
3- أرشفة المعاملات وحفظها، وإدخال أضابير التقارير الموجودة والمعدة من المديرية أو الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش أو الجهاز المركزي للرقابة المالية إلى الحاسب، وتخزينها، وإدخال معالجات المعاملات الهامة في الحاسب.
4- تسجيل البريد الوارد والصادر للمديرية.
5- القيام بالأعمال الأخرى التي تكلف بها ضمن اختصاصها.
وتتألف من الشعبتين التاليتين:

1ـ شعبة المتابعة: ومهمتها:
1- متابعة تنفيذ تقارير الهيئة المركزية للرقابة والتفتيش، والجهاز المركزي للرقابة المالية خاصة فيما يتعلق بالمقترحات الواردة فيها والإجابة عليها.
2- متابعة المراسلات الصادرة التي تعدها المديرية والإجابات عليها، ومتابعة التأخر في الإجابات، والتأكيد عليها وعرضها.
3- مراقبة مدى تقيد المديريات المركزية، ومديريات النقل، والجهات المرتبطة بالوزير بالأنظمة والقوانين والتعليمات، وممارسة الصلاحيات والمسؤوليات، وإعلام الوزير عن طريق المدير بالمخالفات التي قد تجدها.
4- القيام بالأعمال الأخرى التي تكلف بها ضمن اختصاصها.

2ـ شعبة الدراسات: ومهمتها:
1- تقديم المقترحات، ودراسة التقارير والمطالعات التي تعدها المديرية والإجراءات المتخذة لتنفيذ مضامينها والإجابات عليها.
2- القيام بالأعمال الأخرى التي تكلف بها ضمن اختصاصها.