تقوم مديرية العقود باعداد دفاتر الشروط الحقوقية والمالية الخاصة، ومشاريع العقود العائدة للوزارة، وأعمال المزايدات، والمناقصات، وطلبات عروض الأسعار، كما تقوم باستلام المطالبات بايجار العقارات المستأجرة وتدقيقها، وتقوم بمتابعة الشؤون المالية لمكتب تنظيم تقل البضائع في المحافظات، وتمارس مهامها من خلال الدوائر التالية:

أولاً - دائرة العقـود:
وتتولى القيام بالإجراءات المطلوبة للإعلان عن المناقصات، وطلبات عروض الأسعار، والمزايدات، ومتابعـة أعمال لجان فض العروض، ولجان المناقصات، وإعداد مشاريع العقود، ومتابعة تنفيذها، وتشكيل لجان الاسـتلام المؤقت والنهائي، وإعداد كتب تأمين القطع الأجنبي اللازم، وطلبات فتح الاعتمادات المستندية، وتنظيم قاعدة معطيات حاسوبية لعقود الوزارة، ومشاريع العقود وفق طبيعة المشتريات والتعاقد، وتمارس مهامها من خلال الشعب التالية:

1ـ شعبة عقود النفقات الجارية والاستثمارية:

1.   إعداد دفاتر الشروط الحقوقية والمالية الخاصة المتعلقة بالعقود وطلبات عروض الأسعار والمناقصات والمزايدات.
2.   إعداد الإجراءات اللازمة للإعلان عن طلبات عروض الأسعار والمناقصات والمزايدات التي تجريها الوزارة.
3.   استلام وحفظ التأمينات المؤقتة وإعادتها إلى أصحابها بعد التعاقد.
4.   اقتراح تشكيل لجان فض العروض ومتابعة نتائج أعمالها لحين تصديق محاضرها.
5.   إعداد مشاريع العقود اللازمة لتأمين احتياجات الوزارة في ضوء نتائج لجان فض العروض بعد تصديقها، واعتمادها، واستكمال إجراءات تصديق العقود وفق القوانين والأنظمة النافذة.
6.   الوقوف على أسعار المشتريات المتاحة على شبكة الانترنت للمساعدة في دراسات الأسعار.

2ـ شعبة تتبع تنفيذ العقود:

1.   استلام كفالات حسن التنفيذ، وحفظها، ومتابعة مدة صلاحيتها، واعداد الكتب اللازمة بطلب تمديدها حسب الأصول عند الاقتضاء.
2.   اعداد أوامر المباشرة للعقود، ومتابعة تسديد رسم طابع العقد.
3.   تنظيم طلبات الحصول على إجازات الاستيراد للمواد المتعاقد على استيرادها.
4.   اعداد عقود التأمين والنقل اللازمة للمواد المتعاقد عليها.
5.   اعداد طلبات منح السلف اللازمة بالتنسيق مع محاسبة الإدارة.
6.   اعداد كتب تأمين القطع الأجنبي.
7.   اعداد طلبات فتح الاعتمادات المستندية ومتابعتها.
8.   اقتراح تشكيل لجان الاستلام المؤقت والنهائي.
9.   القيام بتتبع تنفيذ العقود وفق برامجها المادية والمالية، والإبلاغ عن أي تقصير بهـا، واقتراح ما يلزم بشأنها.

ثانياً - دائرة متابعة الشؤون المالية لمكاتب تنظيم نقل البضائع:
وتقوم بمعالجة موازنات مكاتب تنظيم نقل البضائع، وإصدار قطع حسابات كافة هذه المكاتب، وإجراء التعديلات الطارئة، ومراقبة أوجه الإنفاق، ودراسة تقارير مفتش الحسابات لكل مكتب منهم. والقيام بالمهام التالية:

1.   مناقشة الموازنات التقديرية لمكاتب تنظيم نقل البضائع، وإصدار قرارات العمل بها.
2.   مناقشة الموازنات الفعلية لهذه المكاتب، وإصدار قطع حساب لكافة المكاتب وتوزيع الوفر.
3.   إجراء التعديلات الطارئة على الموازنات التقديرية لمكاتب تنظيم نقل البضائع بعد موافقة الوزير.
4.   معالجة القضايا والمهام التي يمارسها الجهاز المحاسبي لمكاتب تنظيم نقل البضائع وفق الأنظمة والتعليمات النافذة.
5.   اعداد قرارات المكافآت السنوية للعاملين في هذه المكاتب وأعضاء مجلس الإدارة.
6.   مراقبة أوجه الإنفاق المالي لمكاتب تنظيم نقل البضائع.
7.   دراسة تقارير مفتش الحسابات لكل مكتب، والعمل على متابعة تدارك الملاحظات إن وجدت.
8.   إجراء الدراسات التحليلية المالية لهذه المكاتب واقتراح ما يلزم حول أدائها المالي.